La cittadina è in provincia di Viterbo, a 4 km dalla SS Umbro-Casentinese, e la posizione ne fa un classico esempio di sito difeso, su uno sprone di tufo molto allungato; lo delimitano i due profondi fossi, di Lubriano a nord e di Bagnoregio a sud. L'abitato si dispone lungo una strada di crinale, che in poco più di un chilometro scende verso est da 485 metri ai 450 del convento francescano, praticamente ultimo edificio del paese; il fosso di Lubriano è a 130 metri in linea d'aria, ma 100 metri più in basso, mentre quello di Bagnoregio dista circa 600 metri, con un dislivello di 200. Il clima è di tipo Csan, con inverni piuttosto umidi e nebbiosi; la vegetazione boscosa sui suoli vulcanici è stata progressivamente sostituita dalle colture, mentre le argille sottostanti incise dai calanchi sono sterili. In effetti ci si trova nella parte più orientale cui giungano le ignimbriti dei Vulsini, poggiando sulle sottostanti argille plioceniche, la cui parte sommitale è a circa 400 metri di altezza.

Scendendo ancora poco oltre il convento, la strada giunge fino al livello delle argille per poi risalire verso l'abitato di Civita, posto su una piccola placca di tufo, ormai staccata dall'affioramento principale. Il paesaggio circostante, verso la piana del Tevere, è costituito dalle argille profondamente incise della cosiddetta Valle dei Calanchi. Da rilevare che tutto fa ritenere che Civita sia tra i due l'insediamento con le origini più antiche, pur se gli edifici conservati sono solo medievali; dal secolo scorso, peraltro, tutti i nuovi edifici sono sorti sul lato di Bagnoregio, ai piedi del convento. Il motivo è ben noto, dato che dalla documentazione storica e iconografica risulta che ancora alla metà del XIX secolo lo sperone di tufo tra Bagnoregio e Civita, percorso da una strada preromana, fosse continuo, pur se sempre più sottile. Furono i terremoti a determinarne l'assottigliamento, in particolare quello del 1783, agevolando l'erosione atmosferica (il clima è del tipo Csan della variante tiberina, con umidità e nebbie invernali). Una volta aperta la prima fenditura, l'erosione ha rapidamente asportato il tufo, e da tempo sta incidendo sempre più nel livello delle argille basali. La placca su cui si trova Civita è quindi molto malsicura, poggiando su un fondo scivoloso quale quello delle argille, pericolosamente incise da calanchi; dopo alcuni anni di forzato abbandono, molti abitanti sono comunque tornati nel centro, unito a Bagnoregio da un ponte in cemento, lungo 300 metri, che poggia sulle argille e non è percorribile da mezzi pesanti.

Nei dintorni, soprattutto sulle pareti del Fosso di Lubriano, si vedono le cavità di cavità probabilmente preromane (sepolcreti e colombari), mentre nel centro e a Civita le tracce più antiche sono di età classica. Il nome di Balneum Regium o Balneum Regis, successivamente diventato Bagnorea, è probabilmente dovuto a sorgenti termali. Rilevante il "foro", un tunnel forse preromano che, in senso nord-sud, sottopassa la placca di tufo su cui poggia Civita.

Possedimento longobardo dal 605 e in seguito della Chiesa, entrò a far parte del Comune di Orvieto e infeudata ai Monaldeschi, che fecero costruire qui e a Civita le due chiese maggiori. Nel XIII secolo vi nacque il grande filosofo e teologo cristiano Bonaventura, e nel 1895 il romanziere Bonaventura Tecchi. Il citato convento francescano dei Minori, anch'esso del XIII secolo, ospita un Centro di Studi Bonaventuriani. L'economia è agricola e, nonostante la recente presenza di alcune attività industriali, la popolazione di circa 3900 abitanti rimane stazionaria.